Ergenekon soruşturması kapsamında yapılan 7. dalga operasyonlar, iddianameye giren İşçi Partisi'nin Karargâh Evleri'ni yeniden gündeme getirdi. MİT'in, savcılığa gönderdiği raporda kuruluşu ve faaliyetleri ayrıntılarıyla anlatılan bu evler, örgüt üyeleri için önemli bir adres olmuş. Gözaltına alındıktan sonra Merkez Komutanlığı'nda sorgulanan muvazzaf askerlerin, 'cumhuriyet karşıtlarıyla (gerekirse) silahlı mücadele için' kurulan Karargâh Evleri'nde toplandıkları belirlendi. Gözaltındaki 5 teğmen, tutuklu sanıklar emekli Orgeneral Şener Eruygur ve Hurşit Tolon'la da söz konusu evlerde buluşmuş. İddialara göre bu toplantıların video görüntüleri Savcı Zekeriya Öz'ün elinde.
'Ülke elden gidiyor.' sözleriyle diğer subayları provoke etmeye çalıştıkları belirlenen genç teğmenlerin görüştüğü isimler arasında, temmuzda gözaltına alınan Kemal ve Neriman Aydın kardeşler de var. O dönemde Kemal Aydın'a 'Silahlı Kuvvetler içinde ayrı bir örgütlenme kurmaya çalıştığı' iddiaları sorulmuştu. Aydın, 'Karargâh Evleri' ile ilgili sorulara ise, "Harp Okulu öğrencileri ile aramızdaki diyaloğun, Doğu Perinçek'in Karargâh Evleri'yle ilgisi olamaz." karşılığını vermişti.
Kemal Aydın'ın kız kardeşi Neriman Aydın ise Kara Harp Okulu öğrencilerinin zaman zaman evlerine geldiğini belirterek şunları anlattı: "Evimizdeki yoğunluğun misafirperverliğimiz dışında başka bir açıklaması yoktur. Harp okulu dışında yeğenlerimizin okuldan arkadaşları da zaman zaman gidip gelirler. İnsanî dürtülerle harp okulu öğrencilerinin mezuniyet sonrası da problemleriyle ilgileniyorum."
Aydın kardeşlerle birlikte gözaltına alınan bir diğer sanık Toplumsal Dönüşüm Yayınevi'nin sahibi Ali Özoğlu da askerî öğrencilerle sık sık bir araya gelen isimler arasında yer alıyor. Özoğlu, askerî öğrencileri nereden tanıdığı konusunda kendisine yöneltilen sorulara şunları söylemişti: "Benim 'Şifre Çözüldü ASALA: PKK' isimli kitabımı okuyan Neriman Aydın vasıtasıyla Kemal Aydın'ı tanıdım. Bir müddet sonra samimiyetim arttı, sık sık görüştük. Ankara'ya gittiğimde onlarla tanışan harp okulu öğrencisi ve yeni mezun askerlerle tanıştım." MİT, Ergenekon soruşturması kapsamında İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'na gönderdiği raporda, 'Karargâh Evleri Projesi'nin tüm detaylarına yer veriliyor. Karargâh Evleri, İşçi Partisi ve Alevî kesimin yanı sıra bazı TSK mensupları ve memurlarının da katılımıyla 'emperyalistlerle, cumhuriyet karşıtları ile mücadele' amacıyla Doğu Perinçek tarafından kuruluyor. MİT raporunda, lüks bir alışveriş merkezinde dükkân sahibi olan İbrahim Arslan ile 'Dede' lakaplı Alevî kesim ileri geleninin bu oluşumda kilit rol oynadıkları belirtiliyor.