16. Başkan olarak seçildikten sonra ilk işi çatışma halinde olan Güney ve Kuzey eyaletlerinden Güney eyaletleriyle uzlaşmaya çalışmak oldu. Amerikan İç Savaşı'nın başlamasından sonra ise isyanların bastırılması için 75 bin kişilik gönüllü ordu hazırladı. 1862'de yayınladığı "Özgürlük Bildirgesi" ile tüm eyaletlerdeki köleler, azat edilmiş sayılacaktı; ancak, hiçbir eyalet bu çağrıya uymadı.