İddianamede Ergenekon'un faaliyet yapısı, örgütlenmesi, gelirleri ve eylemleri de yer aldı. Örgütün finansal kaynakları anlatılırken, ilginç bilgilere yer verildi.
Mafya ve uyuşturucu ticaretini kontrol altına almaya yönelen Ergenekon, Hazine arazilerinin illegal olarak satılması, bankalardan hacker yoluyla para çalma, kimyasal silah ticareti, insan kaçakçılığı ve sivil toplum kuruluşları vasıtasıyla yardım toplama gibi alanlara odaklanmış. Elde edilecek illegal gelirlerin aklanması için çok sayıda şirket, holding, banka kurulması, yeni organize sanayi alanları oluşturulması ve toplu konut işine girilmesi planlanmış.