Çelik, Ankara Üniversitesi 2008-2009 Eğitim-Öğretim yılı açılış töreninde konuşma yaptığı sırada üniversiteli gençler tarafından "Elinizde kan var", "Katillerle işbirliği yapıyorsunuz" protestolarına hedef oldu. Konuyla ilgili gazetecilerin soruların yanıtlayan Çelik, söz konusu grubun 20-30 kişiden oluştuğunu söyleyerek "Ama 20 bin kişinin maalesef ahengini bozuyorlar, huzurunu bozuyorlar. İfade özgürlüğü elbette olmalı. Üniversitelerde olmalı ama belli bir disiplin, belli bir kural, belli bir yasal çerçeve içinde olmalı. Bu gençler bana müracaat etseler itirazımız var deseler ben onları kabul ederim. Ama devlet malına zarar vererek, ortalığı kırıp dökerek, bağırıp çağırarak, bu güzel günün anlamına zarar verecek bir şekilde tutum içinde olmaları bence üniversitelilere yakışmıyor. Ancak onların ağa babaları içerde. Tabi bunlar oradan yönetiliyorlar. Herkes bu gençleri tanıyor. Ben, kabul ederseniz bunların bu tavrına üzülüyorum. Yani bu gençler Dil Tarih ve Coğrafya Fakültesini temsil etmez ve Ankara Üniversitesini de temsil etmez" diye konuştu.
Bakan Çelik söz konusu protestocuları "Kadrolu protestocu olarak değerlendirirken her yıl aynı yüzü gördüğünü söyledi.