Temmuz 1991'de en önemli araştırmalarından biri olan "Kürt-İslam Ayaklanması 1919-1925" yayımlandı. 6 Kasım'da onaylamadığı gelişmeler üzerine, 80 arkadaşı ile birlikte, Cumhuriyet gazetesinden ayrıldı. 1992'de kısa bir süre Milliyet Gazetesi'nde yazdı. Buradaki yazılarında Kürt sorununu sıklıkla gündeme getirirken yurtdışındaki PKK yayınlarını yakından izledi. Şubat ayında, ilk kez yayımlanan belgelerin yer aldığı "Gazi Paşa'ya Suikast" adlı kitabı basıldı. 7 Mayıs'ta Cumhuriyet Gazetesi'nde yapılan yönetim değişikliği üzerine yeniden gazetesine döndü. Hizbullah, PKK ve kontrgerilla konularını irdeleyen makaleler yazdı.