Erdoğan Bayraktar, Trabzon'un Of İlçesi'nde doğdu. İstanbul Devlet Mimarlık ve Mühendislik Akademisi İnşaat Mühendisliği Bölümü'nü bitirdikten sonra İstanbul Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü İnşaat Anabilim Dalı'nda 'Metropol Şehirlerde Alternatif Yerleşim Bilimleri' konusunda Yüksek Lisans derecesi aldı. 1973-1994 yılları arasında özel sektörde 21 yıl müteahhit ve konut yapı kooperatifi yöneticisi olarak çalıştı. Aralık 2002-Mart 2011 tarihleri arasında Başbakanlık Toplu Konut İdaresi (TOKİ) Başkanlığı ve Emlak Konut Gayrimenkul Yatırım Ortaklığı Yönetim Kurulu Başkanlığı yaptı.