7 Eylül 1566 gecesi, Zigetvar'ın alınmasından bir gün önce, kaynaklara göre nikris, dizanteri, felç veya anjin sebebiyle 71 yaşında vefat etti. Süleyman'ın ölümü 48 gün boyunca, 21 Ekim günü ordunun Zigetvar'dan ayrılışına kadar saklandı.