Çok karışık bir mikrobiyolojik yapıya sahiptir. Değişik araştırmacılar, değişik bölgelerden aldıkları kefir tanelerinde farklı sayıda, oranda ve cinste mikroorganizma tespit etmiştir. Tanede genel olarak laktik asit bakterileri, laktozu fermente eden ve edemeyen mayalar mevcuttur.