Gülen Cemaati mensuplarının TSK içindeki varlığı Türkiye’de zaman zaman gündem oldu. Yüksek Askeri Şura (YAŞ) kararları ile dönem dönem ordudan çıkarmalar oldu. Bu konudaki en son bilgi "Ana Gülen Yapılanması" iddianamesinde yer alıyor. Genelkurmay Başkanlığı’ndan alınan bilgi iddianamede aşağıdaki şekilde yer aldı: