İnalcık bunun ardından 1960'ta ders vermek üzere İsrail İbrani Üniversitesi'ne davet edildi ve yaz aylarında "Milli Birlik Komitesi"nin isteği üzerine Güneydoğu bölgesine üniversiteden bir heyetle inceleme gezisi düzenleyerek, toprak meseleleri hakkındaki araştırmaları dolayısıyla çağrıldığı toplantıda bölgenin meselelerinin tespiti için bir Güneydoğu Enstitüsü kurulmasını teklif etti. İnalcık, Türk Kültürünü Araştırma Enstitüsü'nün (TKAE) kuruluş döneminde faaliyetlerde bulundu. Nisan 1961'de Kıbrıs tarihi hakkında araştırma yapmak maksadıyla Kıbrıs'a giden İnalcık, Kıbrıs Vakıflar İdaresi'nde Kıbrıs kadılıklarına ait 56 sicil defterini tespit etti ve bunlar üzerinde çalıştı.