Anne sütü bebeğin hassas ve halen gelişmekte olan sindirim sistemi için de eşsiz. Anne sütündeki protein - çoğunlukla laktalbumin- ve yağ, inek sütündeki protein -çoğunlukla kazein- ve yağa göre daha rahat sindirilebiliyor. Genel olarak anne sütü ile beslenen bebeklerde ishal veya kabızlık gibi problemler hemen hiç görülmüyor. Sadece anne sütü verilirken oluşan özel barsak florası bebekleri enfeksiyonlardan ve ishallerden koruyor.