Örgüte El-Kaide liderlerinden Muhsin al-Fadhli'nin komutanlık ettiği öne sürülüyor. 33 yaşındaki Fadhli'nin, 11 Eylül 2001 öncesinde Usame Bin Ladin'in yakın çevresine girdiği ve 11 Eylül'deki New York saldırılarına ilişkin planlardan haberdar olduğu iddia ediliyor. Suriye'de savaş başlamadan önce İran'da bulunan Fadhli, 10 yılı aşkın bir süredir ABD istihbaratının takibi altında.