2 Mart 2001 tarihinde çalıntı bir aracı İstanbul da satmaya çalışırken, İstanbul Emniyet Müdürlüğü Kaçakçılık ve Organize Suçlar Şubesi'nce gözaltına alındı. Güney'in evinde yapılan aramalarda, Ergenekon davasının temelini oluşturan 6 çuval belge bulundu. Belgeler arasında, sözde Ergenekon örgütün şeması da ele geçirildi. Emniyette kamera karşısında verdiği ifadelerde başta Veli Küçük olmak üzere birçok asker, siyasetçi ve bürokratı Ergenekon'a üye olmakla suçlayan Güney, bu iddiaları, katıldığı birçok televizyon programında da tekrarladı.