Baykal, savcıların hazırladığı iddianamede "terör örgütü yöneticisi ve mensubu" olmakla suçlanan sanıkları "Devlete hizmet etmiş saygıdeğer insanlar" diye övdü. CHP lideri, "Bakıyoruz, ipe sapa gelmez iddialar, bağlantılar, telefon kayıtlarıyla gözaltına alınıyor, hiç icabı olmadığı halde orada tutuluyorlar. Herkesin mücadele ettiği değerler var. Bütün bir ömür belli değerler için harcanacak. Sonra birisi 'toplayın bunları' diyecek, biri toplayacak, hukuk buna alet olacak! Bunu kabul etmiyorum." dedi.
Partisinin TBMM grup toplantısında güncel gelişmeleri değerlendiren Baykal, Ergenekon davası ve artan terör olaylarına ilişkin açıklamalarda bulundu. Ergenekon davasının 'siyasî amaçlı' olduğu yönündeki iddiasını, davanın başından beri dile getirdiğini hatırlatan Baykal, "Neresinden tutsanız, çağdaş dünyada Türkiye'ye onur kazandırmayacak bir dava." iddiasında bulundu. Ardından davayı yürüten mahkemeye mesaj verdi: "Mahkemenin 'buna değer mi?' anlayışıyla hareket edeceğini umuyorum. Adaletin var olduğunun son şansının mahkemenin elinde olduğuna inanıyor ve onlara derin saygımı sunuyorum."