Hastalığın tedavisi olmadığından korunmada bulaşıcılığın önlenmesi esastır. Bu nedenle hasta hayvanlar en kısa zamanda karantinaya alınmalıdır. Ölü hayvanların cesetleri dikkatlice yok edilmelidir. Bu hayvanların etleri, özellikle de çiğ etleri tüketilmemelidir. Hastalığa neden olan 5 farklı Ebola virüsü grubu tespit edilmiştir. Bu viral gruplardan üçü, insanlarda büyük salgınlara neden olmuştur. Pek çok tropik enfeksiyondan farklı olarak ebola virüs enfeksiyonunun sivrisinek ısırığı yoluyla bulaştığı şimdiye kadar saptanmamıştır.