Samsun; İngiliz birliğinin varlığı ve civarda kol gezen Rum çeteleri nedeniyle güvenli değildi. Mustafa Kemal, 25 Mayıs 1919’da heyetiyle birlikte Samsun’dan ayrıldı. Üç saat sonra Havza’ya vardı. Havza’da 5. Kafkas Tümeni’nin bir alayı vardı. Ancak subayları ile çok az sayıda kalan erleri sefil durumda idi. Şartlar bir direnişi başlatmak için imkansız denecek ölçüde zordu.

Ama Mustafa Kemal ve arkadaşlarının millete inancı, milletin de tutsaklığa dayanamayacak bir haysiyeti ve direnç gücü vardı. Genç Paşa, Havza’dan Amasya’ya geçti. Kurtuluş Savaşı’nın ilk kıvılcımı özelliğindeki Amasya Genelgesi, 22 Haziran 1919’da yayınlandı. İngilizler, Mustafa Kemal’in geri çağrılması için hükümete baskı yaptı. Harbiye Nazırı, 8 Haziran’da Mustafa Kemal’i İstanbul’a geri çağırdı. İstanbul ile yapılan telgraf görüşmelerinde ip koptu ve Mustafa Kemal, 9 Temmuz’da askerlik görevinden istifa etti; artık sivil bir önderdi.