Refah Partisi kapanmadan Fazilet Partisi kuruldu Refah Partisinin kapatılması sürecini beklemeyen partililer, 17 Aralık 1997'de Milli Görüş hareketinin dördüncü partisi olan Fazilet Partisini kurdu. Genel başkanlık görevini de Recai Kutan üstlendi. 14 Mayıs 2000'deki Fazilet Partisinin kongresi, gelenekçi ve yenilikçi kanat şeklinde isimlendirilen parti içi grupların yarışmasına sahne oldu. Abdullah Gül yenilikçi kanadın, Recai Kutan ise gelenekçi kanadın oylarını aldı. Bu arada Yargıtay Cumhuriyet Başsavcısı Vural Savaş, Fazilet Partisinin de kapatılması için dava açtı. Anayasa Mahkemesi Başkanı Ahmet Necdet Sezer'in Cumhurbaşkanlığı koltuğuna oturmasının ardından Vural Savaş'ın yerine Sabih Kanadoğlu'nu atadı. Sabih Kanadoğlu'nun hazırladığı delillerle Fazilet Partisi 22 Haziran 2001'de kapatıldı. Erbakan, Refah ve Fazilet partilerinin kapatılması üzerine, "Atımızı alan yolumuzu da almadı ya" ifadesini kullanmıştı. Bir ay sonra partililer Milli Görüş'ün beşinci partisi olan Saadet Partisini kurdu. 2002'de yapılan erken seçimde, Milli Görüş'ten ayrılan isimlerin kurduğu Adalet ve Kalkınma Partisi, tek başına iktidar oldu. Saadet Partisi ise seçim barajını geçemeyerek TBMM dışında kaldı. Erbakan, 5 yıllık siyaset yasağının kaldırılmasının ardından Mayıs 2003'te Saadet Partisi Genel Başkanı oldu. Kayıp trilyon davası Kamuoyunda "kayıp trilyon davası" olarak bilinen Refah Partisinin mali hesaplarına ilişkin açılan davada kendisine verilen hapis cezasından dolayı 30 Ocak 2004'te Saadet Partisi Genel Başkanlığı ve üyeliğinden ayrılmak zorunda kaldı. Erbakan'ın, sağlık sorunları sebebiyle başvurusundan dolayı cezanın infazı ertelendi. Ankara 9. Ağır Ceza Mahkemesi, Erbakan'ın 2 yıl 4 aylık hapis cezasını yeniden yargılama sonunda değiştirmedi, ancak cezasını konutunda çekmesine karar verdi. Cumhurbaşkanı Abdullah Gül tarafından Milli Görüş lideri Necmettin Erbakan'ın "sürekli hastalık" nedeniyle aldığı ev hapsi cezası 19 Ağustos 2008'de kaldırıldı. 17 Ekim 2010'da yapılan Saadet Partisi Olağanüstü Büyük Kongresinde yeniden genel başkan olan Erbakan, 28 Şubat post-modern darbenin yıl dönümü arifesinde solunum yetmezliğine bağlı, kalp ve çoklu organ yetmezliği sebebiyle 27 Şubat 2011'de vefat etti. Erbakan, 1 Mart 2011'de vasiyeti üzerine devlet töreni yerine İstanbul Fatih Camisi'nde düzenlenen cenaze töreninin ardından son yolculuğuna uğurlandı.