54. Hükümet'te başbakanlık yaptı Hükümet kurma görevini Cumhurbaşkanı Demirel'den alan Erbakan, Tansu Çiller'in Genel Başkanlığı'ndaki Doğru Yol Partisi ile 54. Hükümeti kurarak, 28 Haziran 1996'da başbakanlık koltuğuna oturdu. Başbakan Erbakan, dış politikada G-7'lere karşı gelişmekte olan Müslüman ülkeleri bir araya getirmek için D-8'leri kurdu. 28 Şubat süreci Medya üzerinden 54. Hükümet'in faaliyetlerine ilişkin başlatılan algı operasyonları, 28 Şubat sürecinin temel taşlarını oluşturdu. 28 Şubat sürecinde bazı üniversiteler, iş dünyası ve sendikalar da Erbakan siyasetine karşı bir misyon üstlendi. Erbakan'ın Mısır ziyaretindeki bayrak krizi, Libya ziyaretinde Kaddafi'nin açıklamaları da yine Erbakan aleyhinde kullanılmaya başlandı. Günlerce kamuoyunda oluşturulan bu propagandalar sonucunda, 28 Şubat 1997'de adına post-modern darbe de denilen müdahale gerçekleşti. Başbakan Erbakan'ın o gece ulusa seslenmek için hazırlık yaptırdığı, Milli Güvenlik Kurulu toplantısından geç saatte "gergin ve üzgün" geldiği için bu yayının iptal edildiği sonradan ortaya çıktı. Başbakanlıktan istifa etti 27 Mayıs 1997'de Yargıtay Cumhuriyet Başsavcısı Vural Savaş tarafından Anayasa Mahkemesine iktidar partisi Refah Partisinin temelli kapatılması istemiyle dava açıldı. 30 Haziran 1997'de koalisyon ortağı Doğru Yol Partisinin protokol gereği başbakanlık koltuğunu alması için Necmettin Erbakan, Cumhurbaşkanı Süleyman Demirel'e istifasını sundu. Demirel, DYP Genel Başkanı Tansu Çiller yerine 55. Hükümet'i kurması için Anavatan Partisi Genel Başkanı Mesut Yılmaz'a görev verdi. Anayasa Mahkemesinde görülen Refah Partisinin kapatılması davası 16 Ocak 1998'de sonuca bağlandı. Refah Partisinin kapatılmasına ve aralarında Necmettin Erbakan'ın da bulunduğu 6 kişiye 5 yıl süreyle siyaset yasağı getirilmesine karar verildi. Erbakan, partisinin kapatılması kararının ardından yaptığı konuşmada, "Bu alınmış olan karar, tarihin akışı içerisinde basit bir noktadır. Böyle bir kararın yürürlüğe girmesiyle Türkiye'de halkımızın muazzam bir bölümünün partisi olan Refah Partisi ve onun davası, bu kararlardan zerre kadar etkilenmez. Bu kararlardan bir tek sonuç çıkar, o da refah inancının tek başına iktidarı. Bu olayın arkasından Refah Partisi davasının, camiasının çok daha büyüyüp gelişeceği kesinlikle açıktır." ifadesini kullandı.