İran'da Tahmasb aracılığıyla babasından affını istedi bunun üzerine Kanuni 1.200.000 altın lira vererek Bayezidı İran'dan geri aldı ancak Kanuni onu affetmedi ve 25 Eylül 1561 tarihinde Kavzin'de boğdurttu. Cenazeleri Sivas’da bulunan "Melik-i Acem Türbesi"'ne defnedilmiştir. Öldüğünde 36 yaşındaydı.