G. Veinstein ve M. Berendi ile birlikte II. Bayezid devrine ait Mukataa Defteri üzerinde çalışmalar yapan İnalcık, 1969'da AIESEE'nin Sofya toplantısında, kendisinden istenen "Osmanlı Devrinde Balkanlar" raporunu takdim etti. Yine 1969'da Türkolog Tibor Halasi-Kun ile birlikte Osmanlı araştırmaları için büyük önem taşıyan Archivum Ottomanicum dergisini çıkarmaya başlayan İnalcık, 1971'de İngiltere Royal Historical Society tarafından "corresponding member" seçildi. İnalcık, aynı yıl Harvard Üniversitesi Ortadoğu Araştırmaları Merkezi'nin (Center for Middle Eastern Studies) davetlisi olarak iki konferans verdi. İnalcık, 1972'de 30 yıl çalıştığı AÜDTCF'den emekli oldu. Türkiye'de layık olduğu sevgiyle karşılandı Uluslararası bir şöhret yapan İnalcık'ın biyografisi Encyclopaedia of Historians and Historical Writing'de ve Thomas Naff'ın çıkardığı Paths to the Middle East (Albany: State University of New York, 1993) adlı eserlerde yer aldı. İnalcık, 1998'de 9. Cumhurbaşkanı Süleyman Demirel'in elinden İstanbul Üniversitesi Türkiyat Enstitüsü Ödülü'nü alarak, Kültür Bakanlığı'nın Osmanlı uygarlığı üzerinde bir eser hazırlamak üzere tertip ettiği Kültür Bakanlığı 700. Yıldönümü Yayın Komisyonu'nun başına getirildi. Türkçe ve İngilizce ikişer cilt şeklinde hazırlanan ve editörlüğünü yaptığı eserle, "Dünya Kitap Fuarı"nda birincilik ödülü alan İnalcık, Vakıflar Genel Müdürlüğü Araştırma Kurulu ve Kültür Bakanlığı Osmanlı Bilim ve Kültür Mirası'nın 700. Yılı Anma Komitesi üyeliklerine seçildi. İnalcık, Prof. S. Faroqhi ile birlikte E. J. Brill'in (Leiden) "The Ottoman Empire and Its Heritage" serisinin editörlüğünü üstlenerek, 2005 yılına kadar bu seriden yayınlanan 38 cilt Osmanlı tarihini Batı dünyasına tanıtan belli başlı eserler arasında yer aldı. 1999'da Balıkesir Üniversitesi'nden ve Türk Kültürüne Hizmet Vakfı'ndan şükran plaketleri alan Prof. Dr. Halil İnalcık için aynı üniversitede "Halil İnalcık Salonu" açıldı. İnalcık, 2000'de İstanbul'un sosyal ve ekonomik tarihi için büyük öneme sahip olan "Halil İnalcık Araştırma Projesi"ni hayata geçirdi. 2001'de Sofya Üniversitesi'nde fahri doktora verilen İnalcık, 2002'de İslam Konferansı Teşkilatı tarafından Teşekkür Plaketi ve Kültür Bakanlığı 2002 Kültür ve Sanat Büyük Ödülü'ne layık görüldü. Prof. Dr. İnalcık, Macaristan Cumhurbaşkanı Ferenc Madl'ın elinden, "Macaristan Liyakat Nişanı"nı, 2003'te Türkiye Yazarlar Birliği ve Ankara Üniversitesi'nden şükran plaketini, "Milli Savunma Bakanlığı Ödülü"nü ve 2004'te de Bursa Büyükşehir Belediyesi Kültür Sanat ve Turizm Vakfı'nın, "Bursa Ulusal Kültür Yaşamına Katkı Ödülü"nü aldı. Bir asırlık ömre 25 kitap, 300'ü aşkın makale sığdırdı Halil İnalcık’ın eserlerine bir bütün olarak bakıldığında onun Osmanlı tarihinin hemen hemen bütün dönemleri üzerine araştırmalar yaptığı ve bu araştırmalarında muazzam bir konu çeşitliliği olduğu görülüyor. İnalcık’ın eserleri temelde Siyasî Tarih, Sosyal ve Ekonomik Tarih alanına dahil olarak kurumlar tarihi, devlet yapısı ve felsefesi, hukuk, ticaret, toplumsal tabakalar, üretim, vergi, bürokrasi, demografik yapı, şehir tarihi ve Sentez Eserleri kapsamında Osmanlı sosyal ve ekonomik tarihini aydınlatmaya dönük çalışmaları kapsayıcı şekilde gruplandırılıyor. Ayrıca 1942'de savunduğu Tanzimat ve Bulgar Meselesi başlıklı doktora tezinde Dolmabahçe Sarayı arşivinde II. Abdulhamid'in Bulgar meselesi hakkında toplattığı vesika külliyatını, 1840-41 Vidin isyanı ile ilgili belgeler bulan İnalcık, Vidin valisinin ve müfettişlerinin gönderdiği raporlardan isyanın sebeplerinin altında, ağalarla Bulgar köylüsü arasındaki toprak meselelerinin yattığını tespit etti ve incelediği dönemde diğer bölgelerdeki huzursuzluk ve karışıklıkların da yine toprak meselelerinden kaynaklandığı gerçeğinden hareketle Osmanlı tarihinin temel probleminin toprak meselesi ve buna bağlı sorunlar olduğunu ortaya koydu. Halil İnalcık, Osmanlı sosyal ve ekonomik meselelerinin hiçbirinin dayandığı hukuki temellerinden soyutlanarak incelenemeyeceğinden hareketle, akademik hayatının daha ilk dönemlerinden itibaren Osmanlı hukuku üzerinde araştırmalar yaptı. Osmanlı Devleti'nin sosyal ve ekonomik tarihi bağlamında araştırmalar yaptığı bir diğer alan olarak Osmanlı şehir tarihiyle ilgilenen İnalcık, özellikle 1950'lerde Bursa kadı sicilleri üzerinde yaptığı araştırmalarında, Bursa kadı sicillerine ait 300'den fazla belgeyi neşretti. Bilge alim Prof. Dr. Halil İnalcık'ın başlıca kitapları arasında "Tanzimat ve Bulgar Meselesi", "Tarihli Suret-i Defter-i Sancak-ı Arvanid", "Fatih Devri Üzerinde Tetkikler ve Vesikalar", "Gazavât-ı Sultân Murâd b. Mehemmed Hân İzladi ve Varna Savaşları", "Tursun Beg, The History of Mehmed the Conqueror, Chicago-Minnesota: American Research Institute" ve "Türkiye’nin Sosyal ve Ekonomik Tarihi" gibi kitaplarla çağı aydınlatan bilim insanı İnalcık, yaklaşık 25 kitap yazdı. Cumhurbaşkanı Erdoğan'ın talimatıyla özel kabir yapıldı Halil İnalcık, 25 Temmuz 2016'da çoklu organ yetmezliği nedeniyle Ankara'da tedavi gördüğü hastanede hayatını kaybetti. Cenazesi Bakanlar Kurulu kararıyla Fatih Camii Haziresi'ne defnedildi. Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan'ın talimatı ile İnalcık için özel bir kabir yapıldı. Halil İnalcık'ın kabri, geleneksel Osmanlı Ulema Kabri şeklinde dizayn edildi. Osmanlı tarih düşürme geleneğine uygun olarak Murat Bardakçı tarafından kaleme alınan ve hattat Sabri Mandıracı'nın yazdığı, Halil İnalcık'ın mezar taşı kitabesi şöyle: "Kutb-ı aktâb-ı müverrîhîn idi / Cümle âsârı buna muhkem delîl / Rıhletiyle artık öksüzdür ilim / Böyle emretti bunu nazm-ı celîl / Şimdi mutlak Fatih’in bağrındadır / Fethi ondan dinliyorken biz melîl / Hüzn içinde söyledim tarih-i tâm / Kalbi yıkdı hicr göçdü Mîr Halîl-1437" (O, tarihçilerin kutublarının kutbu, hepsinden yüksek mertebede idi ve yazdığı bütün eserler bunun böyle olduğunun delilidir. Vefatıyla ilim artık öksüz kalmıştır, herkesin günü geldiğinde öleceğinin bir emir olduğu da Kur’an’da zaten geçmektedir. Halil İnalcık, şimdi mutlaka Fatih Sultan Mehmed’in yanında, onun bağrındadır; İstanbul’un fethini bizzat ondan dinliyordur ama biz üzgün ve boynu bükük haldeyiz. Böyle bir hüzün içerisinde tarih düşürdüm ve hicrî 1437’ye karşılık gelen ‘Ayrılık kalbi yıktı, Halil Bey göçtü gitti’ sözü vefatının tarihi oldu.)